Organizačnú štruktúru Kancelárie verejného ochrancu práv v súlade s ustanovením § 27 ods. 7 zákona č. 564/2001 Z. z. o verejnom ochrancovi práv v znení neskorších predpisov upravuje organizačný poriadok, ktorý vydáva verejný ochranca práv. Celkový počet zamestnancov Kancelárie bol prvýkrát upravený v prílohe k listu Ministerstva financií zo dňa 19. apríla 2002, kde v bode II- Výdavky kapitoly spolu bod A.1 bolo stanovených 41 zamestnancov.
Podľa platného organizačného poriadku je okrem verejného ochrancu práv stanovených pre výkon činností kancelárie 56 zamestnancov. Zamestnanci podliehajú režimu ustanovenému v zákone č. 400/2009 Z. z. o štátnej službe a o zmene a doplnení niektorých zákonov v znení neskorších predpisov (ďalej len zákon o štátnej službe) a v zákone č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme v znení neskorších predpisov.
Podmienky a predpoklady personálneho obsadzovania štátnozamestnaneckých miest v Kancelárii verejného ochrancu práv ustanovuje zákon o štátnej službe. Do v danom čase platného zákona č. 312/2001 Z. z. o štátnej službe a zmene a doplnení niektorých zákonov, bola Kancelária verejného ochrancu práv zahrnutá až novelou zákona o štátnej službe č. 143/2002 Z. z. s účinnosťou od 1. apríla 2002, a to len do § 7 ods. 1 písm. b) bod 7, ktorý vymenúva služobné úrady na účely zákona o štátnej službe. Nakoľko zákon o štátnej službe predpokladal zloženie výberových komisií na obsadenie štátnozamestnaneckých miest v počte päť osôb v stálej štátnej službe, z toho traja z príslušného odboru, bolo jediným možným riešením vymenovanie výberovej komisie zloženej z odborníkov v stálej štátnej službe z Kancelárie Národnej rady Slovenskej republiky, Kancelárie prezidenta Slovenskej republiky a vedúcej služobného úradu Kancelárie verejného ochrancu práv, menovanej predsedom Úradu pre štátnu službu. Niektoré potrebné zmeny následne priniesla novela č. 411/2002 Z. z. k zákonu o štátnej službe s účinnosťou
Kancelária sa člení na tieto organizačné útvary:
a) sekcia ochrany základných práv a slobôd
1. odbor ochrany základných ľudských práv a slobôd a politických práv,
2. odbor ochrany hospodárskych, sociálnych a kultúrnych práv a práv národnostných menšín a etnických skupín,
3. odbor ochrany práva na súdnu a inú právnu ochranu o práva na ochranu životného prostredia a kultúrneho dedičstva,
b) sekcia riadenia a správy
1. odbor organizácie a správy majetku,
1.1 administratívne oddelenie,
1.2. oddelenie prevádzky a služieb,
2. odbor komunikácie a protokolu,
3. organizačno-právny odbor,
4. odbor ekonomiky,
c) osobný úrad,
d) sekretariát verejného ochrancu práv,
e) útvar kontroly a sťažností.